台灣森永的廠區位於台北市北投區、捷運奇岩站的出口，台灣森永製菓共同創辦人潘明哲說，當初是因為畢業後進入日本廣和商社工作，同時具有商科背景與外商工作經驗，「這在當時是非常難得的，所以台灣第一張信用狀，就是我爸爸幫忙開的。」後來潘水生自立門戶經營貿易，因為把台灣茶葉賣給日本森永當原料，從此和森永結下不解之緣。

潘明哲回憶，在戰後那個外匯管制的年代，父親因為貿易手上持有許多外匯，日本森永想把奶粉賣來台灣，立刻找上了往來多年的潘水生；「引進森永的奶粉後，台灣人才知道原來嬰兒可以吃奶粉，當時市場上清一色都是日本品牌，森永就占了五○％市場。」

在一次因緣際會下，日本森永原本要淘汰一座舊廠，後來決定把機器搬來台灣設廠，再度找上了關係良好的潘水生，以50%、50%的比例合資成立台灣森永製菓公司；但由於原本派駐在台灣的日籍總經理在退休時，將手上5%持股賣回給日本森永，因此現在日本森永持股為55%，台灣潘家與親友則占45%，但董事長卻長期都是由潘家人出任。

早年台灣與日商合作的情況非常普遍，但隨著世代交替、績效導向取代了過去緊密的革命情感，如明治、可果美等原本知名品牌的台日合資企業，近十年來都已經陸續拆夥；反觀台灣森永不僅由持有少數股權的台灣人出任董事長，更沒有傳出不和消息，在業界相當少見。業界人士分析，這除了與兩方作風都很保守外，也與台日間協調出來的合作模式有關。

台灣森永的台、日雙方是採取合議制，當時大家就說好，只要一方當董事長、另一方就出任總經理，董事長負責長期規畫、總經理主導公司營運，但所有重要決策，一定要兩人同時通過才算數，如果有一個人不認同，就要送回日本總社進行裁決；但最關鍵的一點，業界人士指出，日方非常尊重台灣的意見，多年來日籍總經理的考績，全部是由台籍董事長負責考核，這是台日合資十分少見的情況，日本森永在全球也只有台灣這一例，「這表示日方真的是把潘家人當作自己人看待。」

2011年，潘明哲將森永董座還給日方股東，依森永台灣官網公告，目前董事長為日籍的津久井慶太，率領278名員工持續在北投工廠推出各式各樣的零食，2021年銷售額高達11億元。